Seorang perindustrian Jepun, di bawah pengaruh fesyen Amerika, memutuskan untuk mula membina tempat perlindungan individu, tetapi mereka tidak dapat membuat pengeluaran besar-besaran, dan satu-satunya tempat perlindungan yang dibina ditinggalkan. Lima tahun kemudian, syarikat pembinaan, yang menggunakan bungker sebagai landasan, mendirikan bangunan tiga tingkat, yang belakangnya bersebelahan dengan lereng. Di rumah ini seorang lelaki menetap yang secara sukarela meninggalkan masyarakat. Sejak kebelakangan ini, dia adalah setiausaha peribadi seorang ahli politik terkenal, menikahi anak perempuannya dan mengiklankan tempat perlindungan atom di sebuah syarikat pembinaan yang dikendalikan oleh bapa mertuanya.
Tetapi pada suatu hari, dia mengambil dari isterinya seorang anak lelaki berusia lima tahun, yang dianggap oleh orang-orang terlambat dari segi mental, dan mulai tinggal bersama anak itu sebagai tempat tinggal di tempat perlindungan. Dia sendiri melantik dirinya sebagai peguam bagi mereka yang sangat dia sayangi di dunia ini - pokok dan paus. Dia menukar namanya untuk menekankan esensi barunya, dan mulai memanggil dirinya Ooki ("pohon perkasa") Isana ("ikan berani"). Dia terlibat dalam melihat gambar ikan paus, memerhatikan teropong untuk pokok yang tumbuh di luar. Untuk lebih dekat dengan alam, dia membuat lubang di lantai bunker 30 × 30 sentimeter dan terjun ke dalam pemikiran, meletakkan kakinya yang telanjang di bumi nyata. Isana mengetuk suara pelbagai burung, dan anaknya Dzin belajar mengenalinya dengan tepat: ternyata anak lelaki itu mempunyai pendengaran yang luar biasa.
Sekali kejadian berlaku di dataran rendah rawa yang kelihatan dari tingkap tempat perlindungan. Seorang gadis muda menggoda ejen polis, dan rakan-rakannya menyerangnya dan mengambil pistolnya. Untuk menyelamatkan dirinya, ejen memilih yang paling lemah dari penyerang dan, setelah membuat keputusan, meletakkan borgol di tangannya, sementara dia mengklik borgol kedua di tangannya. Remaja memukul ejen itu, dan budak lelaki itu cuba memotong tangannya untuk melarikan diri. Seorang ejen polis melepaskan borgol dan melarikan diri, dan remaja itu menjerit mengejarnya untuk masa yang lama.
Melihat bahawa pokok-pokok itu ditutupi dedaunan muda dan memperoleh perasaan aman, Isana, yang secara rohani terhubung dengan mereka, juga merasa dilindungi dan meninggalkan tempat perlindungan. Dia, seperti tumbuhan, bangun dari hibernasi dan mencari jalan keluar untuk tenaga yang telah terkumpul di dalam dirinya. Bersama Jin, dia menaiki bas dan pergi ke taman, tetapi mereka tiba terlambat: taman sudah ditutup dan perjalanan tidak berfungsi. Pengawas tetap merindui mereka, dan di taman sepi mereka bertemu dengan sekumpulan remaja yang agresif, salah satunya mempunyai tangan yang dibalut. Isana merasa ketakutan yang tidak dapat dihitung dan tergesa-gesa untuk kembali ke tempat perlindungan. Pergi ke kedai dan meninggalkan Jin di rumah sendirian, Isana juga mengalami ketakutan. Dia mengalami mimpi buruk pada waktu malam. Dia mempunyai perasaan bahawa tempat tinggal mereka selalu diperhatikan. Sebaik sahaja dia menemui lukisan di dinding rumah - bulatan dan salib. Isana melukis di sebelah corak mata ini. Dia bertemu dengan seorang gadis di dekat rumahnya, yang menawarkannya tidur di bilik persalinan pelakon terkenal di sebuah studio filem terbengkalai, berdiri di kejauhan dari dataran rendah yang rawa. Isana tidak menjawab apa-apa dan pergi, dan pada waktu malam mendengar kekacauan remaja di bumbung dan bimbang tentang Jin, yang keseimbangan emosinya rapuh sangat mudah marah.
Keesokan harinya, Isana melihat teropong di runtuhan sebuah studio filem dan melihat seorang gadis telanjang di tingkap astaka. Tiba-tiba dia melihat sekumpulan remaja yang menuduhnya mengintip mereka. Mereka bertanya mengapa Isana dan Jin tinggal di sini tanpa bercakap dengan sesiapa pun. Isana menjelaskan kepada mereka bahawa dia adalah pengacara pokok dan ikan paus. Setelah mengancam akan pembalasan, remaja tersebut memaksa Isan untuk membiarkan Boy di rumahnya, seorang remaja yang lukanya mulai membara, dan Inago, gadis yang menyarankan Isan untuk tidur dengannya. Isana pergi ke farmasi untuk mendapatkan ubat untuk pesakit, sementara Inago menjaga Jin. Yang mengejutkan Isan, gadis itu memperlakukan bayi dengan berhati-hati dan penuh perhatian.
Salah seorang remaja, Takaki, memberitahu Isana mengenai Paus Paus. Semasa kecil, Takaki mendengar tentangnya, bermimpi tentangnya, tetapi tidak pernah melihatnya. Nama "Paus Paus" memberi Isan perasaan yang hangat, ia juga mulai merasakan bahawa pokok seperti itu ada. Pulang dari farmasi, Isana jatuh dari basikal. Remaja ketawa, tidak berfikir sama sekali bahawa dia boleh terluka. Isana mengagumi kekejaman mereka. Takaki tiba untuk Isana dengan kereta yang dicuri dan meneruskan kisah Paus Paus. Beberapa hari kemudian, Takaki menunjukkan Isana sebagai cache remaja: mereka menetap di sebuah studio filem yang ditinggalkan. Mereka membongkar skooner, yang salah satu dari mereka seharusnya dijaga, di beberapa bahagian menyeretnya ke salah satu paviliun, dan di sana mereka mengumpulkannya dan mulai mempelajari bisnis maritim, sehingga kemudian mereka dapat berlayar. Para remaja bersatu dalam Union of Mariners Bebas dan tinggal di sini, melengkapkan bilik di ruang bawah tanah.
Melihat bahawa Takaki membawa Isan, Battle, yang hampir pulih dan kembali ke skooner, ingin menembak "orang gila ini": tidak ada orang lain yang harus mengetahui tentang cache mereka. Isana tidak takut mati: Inago sangat menjaga anak lelaki itu sehingga dia dapat melakukannya tanpa ayah. Tetapi Isana harus memenuhi misinya - untuk memberitahu pendatang baru dari dunia lain bahawa bukan manusia yang memerintah di bumi, tetapi ikan paus dan pokok. Pergaduhan itu takut Isana akan melaporkannya kepada polis, tetapi semua remaja lain dijaga dengan keyakinan terhadap Isan dan menawarkannya untuk bergabung dengan mereka.
Seorang lelaki yang dijuluki Korotky, yang sudah berusia empat puluh tahun, sehingga dia lebih tua dari Isan, mengatakan bahawa pada usia tiga puluh lima tahun dia tiba-tiba mulai menyusut dan masih menyusut. Betul, anggota badannya kelihatan terlalu panjang berbanding badannya yang terlalu pendek. Dia dihantar ke hospital psikiatri, tetapi dia melarikan diri dari sana. Dia tidak memiliki tempat di dunia orang biasa, dan dia merasa normal dalam masyarakat remaja. Mendengarkan pertimbangan Isan mengenai pokok dan ikan paus, para remaja membuat kesimpulan bahawa dia mempunyai apa yang mereka kekurangan: kemampuan untuk memasukkan pemikiran mereka ke dalam kata-kata. Mereka percaya bahawa perintahnya yang sangat baik mungkin berguna bagi mereka.
Isana mengakui kepada remaja-remaja itu dosa-dosanya: ketika dia menjadi setiausaha kepada bapa mertuanya, dia membawa anak lelaki kepadanya, memanjakan penyelewengannya. Sekali mereka secara tidak sengaja membunuh seorang budak lelaki, dan sejak itu, Isana belum mengetahui kedamaian. Sebagai "pakar dalam kata-kata," Isan mula belajar bahasa Inggeris dengan remaja, memilih "Moby Dick" dan Dostoevsky ini dalam terjemahan bahasa Inggeris. Pada mulanya, dia takut percakapan orang tua Zosima kelihatan terlalu bermoral bagi remaja, tetapi mereka mendengar dengan penuh minat, dan kata "doa" benar-benar menangkap mereka. Yang mengejutkan Isan, remaja menjadi sangat menyukai Jin dan senang mendengar muzik yang serius. Isana menanti-nantikan akhir dunia, dan remaja sedang menunggu Gempa Besar - mereka mempunyai banyak persamaan.
Remaja tertarik dengan Union of Free Mariners oleh seorang askar pasukan pertahanan diri - Inago yang dikasihi. Mereka mahu dia mengajar mereka bagaimana mengendalikan senjata. Isana meminta isterinya Naobi untuk mencari tempat di pantai di mana dia dan rakan-rakannya dapat tinggal dua hingga tiga minggu. Naobi mendapat tempat seperti itu di Izu, tetapi Korotky membuat pengkhianatan di sana - memotret latihan ketenteraan Union of Free Mariners dan menjual gambar kepada mingguan. Dia ingin memaksa remaja untuk membunuhnya, percaya bahawa kejahatan itu akan menyatukan mereka dan menjadikan Union of Free Mariners menjadi organisasi ketenteraan. Para remaja mengatur perbicaraan Korotky, di mana salah seorang dari mereka - Tamakichi - secara tidak sengaja mencederakan Korotky. Menyedari bahawa luka Pendek itu boleh membawa maut, remaja memutuskan untuk membunuhnya. Masing-masing melemparkan batu ke arahnya. Isana dan askar itu berpisah. Seorang askar, meraih senapang mesin yang dimuat dan melemparkan Inago, naik motosikal dan melarikan diri, remaja mengejar. Salah satunya - Tamakichi - melemparkan bom tangan ke arah kapal penangkap ikan. Schooner menyala, dan kecurigaan jatuh pada askar itu. Seorang tentera membunuh diri. Inago menjadi perempuan simpanan Isan, Isan, Dzini, Inago kembali ke Tokyo, di tempat perlindungan. Di sana mereka dijumpai oleh remaja: mereka menghancurkan sebuah studio filem, mereka tidak punya tempat untuk pergi, dan setelah memecahkan jendela mereka naik ke tempat perlindungan Isan.
Di paviliun di studio filem hanya ada satu pertempuran: dia tidak pernah bersetuju untuk meninggalkan Schooner. Agar dia tidak jatuh ke tangan yang salah, dia meletupkannya. Pekerja yang memusnahkan sebuah studio filem memukul Boy. Tamakichi membawa rakan sekarat itu ke klinik di Universiti Tokyo dan meninggalkannya di arked. Remaja memikirkan apa yang perlu dilakukan seterusnya. Isana meminta Naobi untuk membantu mendapatkan wang kapal itu untuk berlayar bersama remaja. Naobi mencalonkan dirinya untuk pilihan raya, dan Isana berharap lebih menguntungkan jika suaminya dan anaknya berenang di laut, melindungi ikan paus, daripada duduk di tempat perlindungan atom. Naobi berjanji untuk menawarkan syarikat pembinaan untuk membeli tempat tinggal dan tanah dari Isan - hasilnya akan mencukupi untuk perusahaan yang dirancang. Sekiranya berlaku, remaja membuat bekalan makanan - jika mereka dikepung, mereka akan memerlukannya di tempat perlindungan, tetapi jika mereka dijangka berlayar, mereka akan membawa mereka bersama mereka. Agar tidak membahayakan anak, remaja tersebut menawarkan Isan dan Jin untuk meninggalkan tempat perlindungan, tetapi Isana ingin memberitahu isterinya bahawa mereka dan Jin disandera - maka dia pasti akan meletakkan kapal yang mereka miliki. Kereta polis kelihatan dari tingkap perlindungan. Pasukan bermotor mengepung bangunan. Remaja menembak, polis melepaskan gas pemedih mata. Mereka mendesak pengepung untuk menyerah.
Remaja sedang menunggu ketibaan isteri Isan. Naobi tiba, tetapi mendakwa bahawa walaupun atas nama kehidupan anaknya, dia tidak akan mengadakan perjanjian dengan penjenayah. Remaja berjuang dengan gagah berani, tetapi kuasa tidak ada di pihak mereka, dan mereka mati satu demi satu. Menjadi jelas bahawa mereka tidak lagi memerlukan kapal: mereka masih tidak dapat berlayar, kerana pengemudi dan pengendali radio terbunuh. Tamakichi bermaksud untuk berjuang hingga akhir, tetapi dia tidak mahu Union of Free Mariners hilang tanpa jejak. Dia mengajak Takaki untuk pergi dan menghidupkannya kembali. Isana mengundurkan diri sebagai pakar menurut Union of Free Mariners, kini dia komited sepenuhnya terhadap tugas sebagai peguam ikan paus dan pokok. Takaki mengakui bahawa kisahnya mengenai Paus Paus adalah fiksyen, tetapi Isana membantah bahawa, sebaik sahaja dia tidak dapat pergi ke rumah Takaki dan yakin akan hal ini, tidak ada yang menghalangnya untuk mempercayai bahawa pokok Paus itu ada. Takaki dengan bendera putih meninggalkan tempat perlindungan, diikuti oleh Inago dengan Jin di tangannya dan seorang doktor (bekas pelajar di sebuah institusi perubatan). Semasa mereka pergi ke kereta, polis memukul mereka.
Ketika kereta membawa mereka yang menyerah, trak pemadam kebakaran dengan kren melaju ke tempat perlindungan dan mula merosakkan bangunan. Hanya Isana dan Tamakiti yang tinggal di tempat perlindungan. Isana turun ke bunker. Dengan meletakkan kakinya di tanah, dia mendengarkan filem itu dengan jeritan ikan paus. Air mengalahkan air pancut: dilemparkan oleh mesin pemadam kebakaran, air itu bocor di bawah landasan dan tersumbat di tempat di mana terdapat lubang di lantai. Penutup lubang naik, tembakan kedengaran. Isana menembak ke belakang. Air naik lebih tinggi dan lebih tinggi. Berbalik kepada jiwa pokok dan ikan paus, Isana mengirimkan mereka pengampunan terakhir dan mati.